Тесты ДНК собак:смешанные результаты

Великолепным весенним днем ​​в Монтане я возвращался из горной суеты со своими тремя собаками, когда мы вышли из леса на луг, изобилующий певчими птицами и небольшим количеством мирно пасущихся коров. Мои спутники быстро обнаружили, к своему полному восторгу, свежие, вкусные пироги с коровьим мясом.

Однако мне пришло в голову, что я не знал о статусе MDR1 (ген множественной лекарственной устойчивости) у самого нового члена моей команды из трех собак, Хэпа. MDR1 представляет собой генетическую предрасположенность к побочным реакциям на более чем дюжину распространенных ветеринарных препаратов, и этот ген обнаруживается преимущественно у пастушьих пород. Хэп выглядит в основном бордер-колли с, может быть, только может быть, щепоткой австралийской овчарки, поэтому такая предрасположенность может подвергнуть его опасности в этой ситуации. Коровам часто дают ивермектин в качестве противопаразитарного средства, и вскоре после этого препарат можно обнаружить в их помете; употребление в пищу этого помета может вызвать фатальную реакцию у собаки с мутацией MDR1. Итак, я наложил мораторий на дегустацию пирогов во второй половине дня, к большому разочарованию моей команды, и мы отправились прогуляться на закат.

Когда мы вернулись домой и я начал искать информацию о тестировании на MDR1, я узнал, что многие из генетических тестов для типирования породы теперь также включают скрининг генетического здоровья, включая тестирование на мутацию MDR1. Я подумал, почему бы не разгадать тайну породы Хэпа и одновременно получить информацию о его здоровье? Звучало весело!

Как работают ДНК-тесты собак?

В то время как некоторые из ранних тестов для идентификации смешанных пород использовали образец крови, все продукты, представленные на рынке сегодня, извлекают ДНК из клеток, взятых владельцем собаки с внутренней стороны щеки собаки. Тампон запечатывается в контейнере, предоставленном компанией, и отправляется по почте в лабораторию компании. Там специалисты извлекают ДНК вашей собаки из мазка и используют компьютеры для идентификации и сравнения определенных ее фрагментов с фрагментами, взятыми у собак известного происхождения.

Геном собаки содержит около 2,5 миллиардов нуклеотидов (строительных блоков ДНК); исследователи сосредотачиваются на «всего лишь» примерно 200 000 таких отдельных генов, или, скорее, на микросателлитах или повторяющихся последовательностях ДНК, называемых однонуклеотидными полиморфизмами (SNP, произносится как «снипы»), которые формируют признаки, присущие различным породам.

У исследователей должно быть достаточно SNP от достаточного количества чистокровных представителей каждой породы, чтобы иметь адекватный набор SNP, с которым они могли бы сравнить SNP вашей собаки. Чем больше у компании база образцов чистокровных собак, тем лучше. Когда компания совершенно не может предложить предков пород-кандидатов, которые маловероятны, вероятно, в ее банках данных недостаточно пород, чтобы найти подходящие совпадения для SNP вашей собаки.

Компании, предлагающие тесты ДНК смешанных пород

ДНК моей собаки

– Тест идентификации породы ДНК My dog , 69 долларов. Идентификация 92 пород.
– Тест ДНК моей породы собак плюс гибридный тест волк-койот , 89 долларов.
– Тест идентификации породы по ДНК плюс полный генетический скрининг , 189 долларов. Скрининг здоровья выявляет более 100 заболеваний.

Embark Veterinary, Inc.

– Проведите ДНК-тест собаки , 199 долларов. Выявление более 175 пород и более 160 болезней. «Мы тестируем в 20 раз больше генов вашей собаки, чем другие тесты ДНК собак».

Панель мудрости

– Определение породы собак , 85 долларов. Идентификация более 250 пород, а также скрининг MDR1 и коллапса, вызванного физической нагрузкой (EIC), на чувствительность к лекарственным препаратам и физической нагрузке.
– Порода собак плюс обнаружение болезней , 150 долларов. Идентификация более 250 пород, а также скрининг MDR1 и коллапса, вызванного физической нагрузкой (EIC), а также расширенный скрининг более 150 генетических заболеваний.

Когда внешность вашей собаки обманчива

Тем не менее, когда собаки разного происхождения размножаются, получившиеся щенки могут визуально полностью напоминать другие породы, но генетические сигнатуры, унаследованные от их родителей, говорят больше, чем самый собачий глаз. Возьмем, к примеру, Клару. Клара — собака-спасатель из приюта, усыновленная в молодом возрасте, которая, как предполагалось, была в основном лабрадором, с небольшими примесями среднего размера. Ее владельцы, Джанна и Кип Савойе, предположили, что у нее была пастушья порода где-то в ее родословной, учитывая многие поведенческие характеристики, похожие на бордер-колли, которые они видели.

Они отправили мазок с ее щеки Эмбарку на анализ. Вернулось в основном то, что они подозревали:лабрадор-ретривер, всплеск бордер-колли, но с несколькими меньшими сюрпризами и одним очень большим. Эта короткошерстная черная собака фактически была объявлена ​​больше золотистым ретривером (38 процентов!), чем кем-либо еще.

На основании самой точной визуальной оценки это может показаться ошибкой, но на самом деле это вполне возможно.

Золотистые ретриверы несут черный ген, который выражается в их носу, подушечках лап, их гламурной густой черной подводке для глаз, но не в шерсти. Черный блокируется желтым геном, который является рецессивным, как и их характерные роскошные длинные пряди. Золотистый ретривер, скрещенный с собакой, у которой отсутствуют гены желтого окраса и длинной шерсти, как у черного лабрадора, таким образом, приведет к черной собаке с короткой шерстью — собаке, очень похожей на Клару.

Некоторые загадочные результаты ДНК собак…

На более комедийном конце спектра, Хэп, мой счастливый, прыгучий, летающий бордер-колли / загадочная порода, был объявлен Wisdom Panel на 88 процентов бордер-колли и на 12 процентов - готов к этому? – Бостон-терьер! Поскольку я никогда не видел в Монтане бостон-терьера за 20 лет, живущих здесь, погрязших во всех собачьих вещах, это показалось мне крайне маловероятным.

Поскольку я живу в сельской местности с большим количеством ранчо, а приют, в котором я приобрел этого парня, небольшой и больше похож на приют для пастушьих собак, чем на обычный приют с открытыми дверями, я изо всех сил пытался представить, откуда могли взяться гены бостон-терьера. . С другой стороны, Хэп, безусловно, самая игривая и общительная собака, которую я знаю, и эти качества соответствуют типу личности бостонских терьеров, которых я встречал, так что, может быть. Возможно, мимо проезжал бостонский Казанова, который посетил ранчо как раз в нужное время. Могут происходить странные вещи.

Но иногда результаты действительно проверяют границы доверчивости. Возьмем, к примеру, результаты, полученные DNA My Dog из образца Отто, собаки смешанной породы, принадлежащей редактору WDJ Нэнси Кернс. Otto был протестирован несколькими компаниями (см. «Результаты Otto» ниже). Две компании с самыми большими базами данных о породах дали довольно схожие результаты. Но DNA My Dog, гораздо меньшая компания, дала результаты, которые не только полностью отличались от результатов двух более крупных компаний, но и были невероятно невероятными. Маловероятно, что предложенные породы присутствуют в географической области происхождения Отто, и еще менее вероятно, что они будут присутствовать в идентифицированной комбинации.

Когда результаты ДНК собак не имеют смысла

У компаний, предлагающих эту услугу, есть несколько стандартных объяснений результатов, которые кажутся бессмысленными.

Ни одна из компаний не согласится с тем, что размер их справочных баз данных недостаточен для точного определения SNP вашей собаки, но они могут предположить, что это может относиться к их конкурентам.

Все компании быстро объяснят, что существуют сотни тысяч генов, отвечающих за внешний вид собаки, и что многие комбинации пород приводят к тому, что собаки выглядят совсем не так, как вы ожидаете от этой смеси пород.

Кроме того, гены смешанных пород не всегда сочетаются одинаково у всех однопометников, поэтому размер, физические и поведенческие характеристики в одном и том же помете щенков могут различаться и часто различаются, иногда сильно.

Они также объясняют, что сложность смеси вашей собаки повлияет на точность результатов. Помеси в первом поколении между двумя чистокровными родителями относительно легко идентифицировать, но собак, у которых нет чистокровных предков в течение нескольких поколений, гораздо труднее идентифицировать с большой уверенностью, поскольку длина унаследованных SNP, которые являются уникальными для чистокровных собак, становится намного короче с каждым поколением потомства смешанной породы.

Проблемы с идентификацией также могут возникнуть, когда есть много расхождений внутри определенного типа породы, как в случае с австралийскими овчарками и бордер-колли, где у вас есть линии полевого разведения и линии выставочного разведения. Генетические сигнатуры в базах данных компаний обычно соответствуют выставочным линиям, поэтому выведенные в полевых условиях аусси и BC могут быть даже отнесены к другой породе.

Как Embark, так и Wisdom Panel позволяют потребителям легко связаться с ними и задать вопросы о результатах их собак. Я позвонил и попросил представителя Wisdom Panel просмотреть вместе со мной результаты Хэпа, и мне сказали, что статистическая достоверность результатов исследования бостон-терьера незначительна, а это означает, что существует высокая вероятность того, что этот результат неверен. Хэп мог иметь 12 процентов чего-то, что не представлено в базе данных Wisdom Panel (например, австралийских овчарок, выведенных в полевых условиях), но, поскольку этой уникальной подписи в настоящее время в базе данных нет, он был отнесен к породе с наиболее близкой совпадающей генетической подписью. Мне сказали, что отчет Хэпа будет обновляться по мере добавления новой информации в базу данных.

Какой ДНК-тест для собак лучше?

Из доступных брендов Embark и Wisdom Panel кажутся наиболее прозрачными в отношении своих методологий и информации, доступной в их базах данных. Они оба часто обновляют свои продукты, а также доступны для ответов на вопросы потребителей. Это заставляет их обоих подняться на вершину моей книги. Обратите внимание, однако, что базовый тест Wisdom Panel 4.0 Breed Detection стоит вдвое меньше, чем тест Embark.

Другие компании, такие как DNA My Dog, имеют относительно небольшую базу данных с 92 породами, очень скудную информацию об их методологии, и мне было трудно найти даже контактную информацию, чтобы задать вопросы.

Хотя коммерческое генетическое типирование пород все еще развивается, это интересно и смехотворно весело, что чего-то стоит. Все больше компаний также предлагают тесты на генетическое здоровье, которые могут оказаться полезными для долгосрочного ухода за здоровьем вашей собаки. Многое из этого может быть неприменимо к вашему конкретному четвероногому другу, поэтому, прежде чем тратить деньги, обязательно проконсультируйтесь с ветеринаром, чтобы узнать, что он или она рекомендует.

Результаты Отто

Результаты Отто изменились за последние восемь лет:маловероятный басенджи исчез, а в смеси появились агрессивная порода и австралийская пастушья собака. Обратите внимание, что результаты, предоставленные двумя ведущими поставщиками смешанных тестов, чертовски похожи, а результаты самой маленькой компании, предлагающей эту услугу, граничат с фантазией. (Эти породы очень редко встречаются в районе происхождения Отто, и еще реже их можно было бы увидеть у одной и той же собаки.)

2009:Панель мудрости

Немецкая овчарка
Басенджи
Чау-чау
Бордер-колли

2016:ДНК моей собаки

Уровень 3 (20%-36%):колли, новошотландский ретривер.
Уровень 4 (10%-20%):английский сеттер, норвежский элкхаунд

2016:Панель мудрости

12,5% американский стаффордширский терьер
12,5% Австралийская пастушья собака
12,5% бордер-колли
12,5% чау-чау
12,5% немецкая овчарка
37,5% (смешанный)

2018:начало

21,3% Американский питбультерьер
14,1% Австралийская пастушья собака
13,2% немецкая овчарка
12,3% чау-чау
10,3% лабрадор ретривер
8,0% бордер-колли
4,3% ротвейлер
16,5% («Суперматт»)

Кэтрин Соси-Даннинг живет с мужем и тремя собаками в Монтане.